Terhitung sejak 11 September 1983 sampai dengan 11 September 2016, IDIA Prenduan genap berusia 33 tahun. Usia ini bukanlah usia yang muda bagi sebuah lembaga pendidikan.
“Sudah terlalu lama, kurang lebih empat belas tahun kita dengan tiga fakultas. sudah saatnya IDIA Prenduan membuat tonggak sejarah baru agar bisa dikenang oleh generasi selanjutnya” Ungkap KH. Ghozi Mubarok, MA dalam Pembukaan Semester Gasal Tahun Akademik 2016/2017 (Sabtu, 23/07/2016).
Ungkapan Kiai kelahiran 1980 ini cukup beralasan. Pasalnya, sejak didirikan tahun 1983 dengan nama PTA (Pesantren Tinggi Al-Amien), hanya butuh dua tahun, yakni tahun 1985, berhasil berkembang menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah (STIDA), yang menjadi cikal bakal Fakultas Dakwah IDIA Prenduan saat ini, sebelas tahun kemudian STIDA, tahun 1996, bermetamorfosa menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI). Dan pada 2002, menjadi IDIA Prenduan, sampai saat ini.
Segala upaya sudah dikerahkan untuk pengembangan IDIA Prenduan, menjadi universitas seperti yang diidam-idamkan, salah satunya dengan rencana pembentukan fakultas-fakultas dan prod-prodi baru, serta penguatan SDM dan SDA di lingkungan IDIA Prenduan.
Rekam jejak IDIA Prenduan tidak bisa dipisahkan dengan perkembangan dan pengembangan Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan sebagai induk lembaga ini. Terhitung sejak pertengahan 1980, dimana inisiasi pendirian pesantren tinggi di Al-Amien Prenduan tidak lepas dari sosok Pimpinan dan Pengasuh Pondok hingga saat ini, kejadian-kejadian tersebut terekam dalam tanggal-tanggal bersejarah IDIA Prenduan berikut;
18 Ramadhan 1403; Diskusi perencaan Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA), di kediaman KH. Idris Jauhari, diawali dengan sambutan beliau “kita akan mencetak ulama yang intelek, bukan intelek yang tahu agama”
11 September 1983 / 04 Dz. Hijjah 1403; Peresmian Pesantren Tinggi Al-Amien (PTA) oleh Menteri Agama RI, H. Munawwir Syadzali, MA, ditandai dengan pembukaan selubung papan nama dan penandatanganan prasasti.
Tahun 1985; Peresmian Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah Al-Amien (STIDA), yang sebelumnya bernama Pesantren Tinggi Ilmu Kemasyarakatan (PTIK), dengan Dekan Pertama KH. Shidqi Mundzir, asal Pamekasan.
Tahun 1989; KH. Tidjani Djauhari, MA. Kembali dari Makkah, dan menjadi Pimpinan PTA, yang kemudian PTA dikembangkan menjadi Program Diploma Bahasa Arab.
27 Februari 1989; Sekolah Tinggi Ilmu Dakwah Al-Amien (STIDA) mendapat status terdaftar sebagai Penyelenggara Program Strata-1 dengan Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia, dengan Nomor 48 Tahun 1989.
29 Februari 1992 / 25 Rajab 1412; Prosesi Wisuda Perdana STIDA dengan jumlah wisudawan 43 orang. Pada Tahun ini pula KH. Jamaluddin Kafie menjadi Dekan STIDA
16 Mei 1996; STIDA menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Agama Islam (STIAI) Al-Amien, membuka dua program studi, yakni Dakwah, dengan Program Studi Bimbingan Penyuluhan Islam/BPI (Dakwah), dan Program Studi Pendidikan Agama Islam/PAI (Tarbiyah), dengan diketua oleh KH. Maktum Jauhari, MA.
Agustus 2000; Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Amien Prenduan terakreditasi maksimum dari BANT-PT dengan SK. 019/BANT-PT/AK-IV/VIII/2000.
Tahun 2000; Program Instensif IDIA Prenduan, menyelenggarakan Perkuliahan Pagi secara independent, terpisah dengan penyelenggaran pendidikan mu’allimien di TMI Al-Amien Prenduan.
21 Juni 2002; Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Amien Prenduan berubah menjadi Institut Dirosat Islamiyah Al-Amien Prenduan (IDIA Prenduan), dengan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI, No. : Dj. II/144/2002.
09 Januari 2003 / 06 Dz. Qo’dah 1423; Peletakan batu pertama pembangunan Gedung Rektorat IDIA Prenduan oleh Menteri Pendidikan Nasional RI, Prof. Dr. Malik Fajar, MSc. dalam rangkaian Kesyukuran 50 Tahun Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan
22 Januari 2003 / 19 Dz. Qo’dah 1423; Lustrum dan Wisuda Emas IDIA Prenduan yang dihadiri oleh Sekretaris Jenderal Departemen Agama RI, Dr. Faishal Ismail, MA, dalam rangkaian Kesyukuran 50 Tahun Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan
06 November 2009; Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) Fakultas Dakwah terakreditasi C dengan SK BAN-PT, dengan nomor : 033/SK-BAN-PT/Ak-XII/S1/XII/2009, program studi ini akan sedang mempersiapkan re-akreditasi, semoga mendapat nilai yang memuaskan
Juli 2012; Dr. KH. Ahmad Fauzi Tidjani, MA diangkat menjadi Rektor IDIA Prenduan, sepeninggal KH. Muhammad Idris Jauhari, dan KH. Maktum Jauhari, MA diangkat menjadi Pimpinan dan Pengasuh Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan.
21 Desember 2013; Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) Fakultas Tarbiyah terakreditasi B dengan SK BAN-PT, dengan nomor : 525/SK-BAN-PT/Ak-XVI/S/XII/2013.
14 Maret 2015; Program Studi Pendidikan Bahasa Arab (PBA) Fakultas Tarbiyah mendapat terakreditasi B dengan SK BAN-PT, dengan nomor : 089/SK-BAN-PT/Akred/S/III/2015.
30 Mei 2015; Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI) Fakultas Dakwah terakreditasi B dengan SK BAN-PT, dengan nomor : 502/SK-BAN-PT/Akred/S/V/2015
05 Februari 2016; KH. Ghozi Mubarok, MA diangkat menjadi Rektor IDIA Prenduan, dengan SK Yayasan Al-Amien Prenduan, No. : 460/YAP/A.1/II/2016, diangkat sepeninggal KH. Maktum Jauhari, MA dan Dr. KH. Ahmad Fauzi Tidjani, MA diangkat menjadi Pimpinan dan Pengasuh Pondok Pesantren Al-Amien Prenduan
24 Maret 2016; Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT), dan Program Studi Ilmu Aqidah (IA) Fakultas Ushuluddin terakreditasi B dengan SK BAN-PT, dengan nomor : 0126/SK-BAN-PT/Akred/S/III/2016.
13 Agustus 2016; Rektor IDIA Prenduan menandatangani MoU dengan Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM), Malaysia, dengan point-point kerjasama; student exchange, lecturer exchange, pengembangan jurnal, seminar dan simposium, pengabdian masyarakat, serta pengembangan kurikulum 11 September 2016; IDIA Prenduan genap berusia 33 Tahun.